Climatología
La temperatura media anual es de 14°C. Las extremas máximas pueden llegar a los 40° y las mínimas pueden hacer bajar el mercurio hasta los -10° (febrero–marzo de 2005). La precipitación anual media se mueve en torno a los 420 milímetros, con máximos en primavera y otoño. Se produce un periodo de aridez estival que coincide con el máximo térmico. Por tanto nos encontramos ante un clima mediterráneo de tipo continentalizado. 

Vegetación
Cursos fluviales: surcan los ríos complutenses bandas de bosque ripario en los que domina Populus alba, Populus x euramericana (variedad híbrida entre Populus nigra y Populus deltoides) y sauces (Salix alba y Salix purpurea). No obstante otros árboles de carácter más intersticial como el Fraxinus angustifolia, Alnus glutinosa componen el estrato arbóreo que cubre un matorral caducifolio de rosales, majuelos, espinos y matorral perenne de retama loca. Hoy en día esta franja se recupera tras la presión agrícola, aunque sigue amenazada por el incumplimiento de la ley de aguas por parte de urbanizaciones, actos vandálicos (botellón, incendios del "polen del álamo", picnics poco sensibles con la naturaleza...) aunque desde el gobierno local se está haciendo lo posible por cuidar estos espacios. Un claro ejemplo de esto ha sido la creación de la isla del colegio que ha supuesto la recuperación de un espacio que se utilizaba como aparcamiento para autobuses y se ha convertido en un parque que hace las veces de recinto ferial 8 días al año, siendo utilizado por los ciudadanos e incluso habilitado para el acceso de minusválidos a la zona el resto del año. Actualmente aunque está aún en la primera subfase de su formación, la isla del colegio supone un lugar de ocio y disfrute de la naturaleza para todos los vecinos de alcalá.

"Cerros, cortados y Alcarria" (véase también Alcarria de Alcalá): la superficie caliza del páramo alcarreño corresponde a la formación dominada por el encinar básico manchego (Quercus ilex subsp ballota) y en zonas de menor insolación y mayor humedad (orientaciones especiales y vallejos) domina el roble quejigo (Quercus faginea). Otras especies de porte semiarbóreo como el arce (Acer monspessulanum) o la cornicabra (Pistacia terebinthus) acompaña los bosques dominantes. Las zonas de fuertes pendientes fueron casi totalmente desprovistas de bosque en el pasado, incendiadas y posteriormente sometidas a un pastoreo intensivo de ganado ovino. Esto se une a las duras condiciones ombrotérmicas y a la naturaleza arcilloso-margosa y en algunas zonas salina (fondos de cárcava) del terreno y tenemos un ambiente poco favorable para la regeneración de la vegetación climácica. Así tenemos un ambiente donde los taxones norteafricanos y asiáticos (Irán) confieren un extraordinario valor a esta subcomarca. No son desdeñables los endemismos. Entre la vegetación tenemos Lygeum (albardin), Stipa tenacissima, retama de bolas, aulagares, Limonium, Moricandia, tarayales, crucíferas, papaveraceas, efedras, quenopodiaceas, coscojares e interesantísimos hongos. Pero una política forestal a veces desafortunada (cuando sobrepasa la intención de retener suelos en zonas de fuerte pendiente) sigue repoblando desde los años 60 enormes extensiones con Pinus halepensis (pino carrasco) porque "apenas tiene marras" (arbolillos muertos). En consecuencia este original paisaje se modifica y se altera la vegetación con su recuperación normal y la fauna asociada.

Campiña: casi totalmente sembrada de cereal en unos casos y urbanizada en otros, la vegetación potencial consistiría en olmedas (Ulmus minor) en la primera terraza del Henares y encinar en la segunda terraza.